Во время упадка Киева церковь сменила название на Успенскую. В1613-33 гг., когда Софийский собор находился в руках униатов, она стала митрополичьим соборным храмом — цитаделью православия. При храме функционировали школа, сиротский приют и больница для неимущих.

В 1770-х гг. известный архитектор И.Григорович-Барский перестроил церковь в стиле украинского барокко и возвел возле нее колокольню. В 1935 г. церковь разрушили. И лишь в конце 1990-х гг. на основании результатов раскопок, произведенных украинскими археологами в 1976 г., церковь возродили и возвратили ей изначальное название.